Begintijd
De stichters stond een ‘vrije’ universiteit voor ogen, waar wetenschap werd beoefend die niet werd gehinderd door bemoeienis van de overheid of de Nederlandse Hervormde kerk (die destijds veel invloed had op de theologie-opleidingen). In plaats daarvan was de VU nauw verbonden met de protestants-christelijke (of: gereformeerde) bevolkingsgroep in Nederland, die een universiteit wenste waar geloof en wetenschap met elkaar waren verbonden. In de eerste driekwart eeuw werd de VU volledig bekostigd door de giften van haar achterban. Vanaf de jaren dertig werd er gespaard in het VU-busje met daarop de beeltenis van Abraham Kuyper, een spaaractie die was opgezet door de organisatie Vrouwen VU-hulp.
De Vrije Universiteit Amsterdam was in de begintijd klein en gevestigd in het centrum van Amsterdam. Het hoofdgebouw bevond zich aan de Keizersgracht 162, waar drie faculteiten gevestigd waren: theologie, rechten en geesteswetenschappen. In het begin van de twintigste eeuw begon de universiteit te groeien. In 1907 werd een begin gemaakt met een medische faculteit, waarvoor een kliniek en fysiologisch laboratorium werd gebouwd aan het Valeriusplein in Amsterdam-Zuid. In 1930 volgde de bètafaculteit. De laboratoria voor natuur- en scheikunde kwamen aan de De Lairessestraat.