VU-bibliothecaris J. Stellingwerff (1924-2010) en rector magnificus W.F. de Gaay Fortman (1911-1997) richtten samen in 1971 het Historisch Documentatiecentrum voor het Nederlands Protestantisme (1800-heden) op. Dr. G. Puchinger (1921-1999) werd de allereerste directeur. Hij was een markante persoonlijkheid met veel connecties in kerk en wereld, waardoor het HDC al snel verscheidene protestantse archieven wist te verwerven. Onder meer de archieven van de Dr. Abraham Kuyper Stichting (waaronder de archieven van H. Colijn, Th. Heemskerk, A.W.F. Idenburg en A. Kuyper) en de Antirevolutionaire Partij werden bij het HDC ondergebracht.
Prof. dr. J. de Bruijn volgde in 1986 Puchinger op. Op De Bruin’s initiatief werd dat jaar de Stichting ter ondersteuning van het Historisch Documentatiecentrum opgericht, bedoeld om fondsen te werven waarmee onderzoeksprojecten en publieksactiviteiten (publicaties, symposia) worden gerealiseerd. De interessante bijeenkomsten en publicaties bezorgen het HDC landelijke bekendheid.
Onder leiding van prof. dr. G. Harinck, die De Bruijn in 2003 opvolgde, werd dit beleid verder uitgebouwd. Daarnaast zette Harinck in op een uitbreiding van de internationale samenwerking.
Vanaf 2014 is de archiefvormende functie van het HDC losgekoppeld van de rol als expertisecentrum. De archiefzorg bleef bij de UBVU in de vorm van de collectie HDC | Protestants Erfgoed. De wetenschappelijke experts werd ondergebracht bij de Faculteit der Geesteswetenschappen. In oktober 2018 wordt Bart Wallet directeur van het HDC. Wallet is dan al enkele jaren als onderzoekscoördinator aan de instelling verbonden. Hij versterkte de positie van het HDC binnen de faculteit. Door zijn inzet fuseerde het HDC in 2020 met het Amsterdam Centre for Religious History. Daarmee stelde het centrum zich open voor de bestudering van religie in al haar culturele en confessionele vormen en in onbeperkte grenzen van tijd en ruimte. Dat neemt niet weg dat het Nederlandse protestantisme – voor en na 1800 – voor het HDC | Centre for Religious History een vanzelfsprekend zwaartepunt zal blijven.
In september 2021 werd Bart Wallet Hoogleraar Joodse Geschiedenis aan de UvA. Het directeurschap werd overgedragen aan hoogleraar religiegeschiedenis Fred van Lieburg. Onder zijn capabele leiding zal het HDC | Centre for Religious History en de collectie HDC| Protestants Erfgoed inzetten op digitalisering.