Naast de publiek toegankelijke bibliotheken waren er in het verleden tal van bibliotheken bij onderwijsinstellingen, musea en politieke en maatschappelijke organisaties. Wanneer een dergelijke instelling opgeheven werd, zocht men naar een goed onderkomen voor deze bibliotheek.
Op die manier is de collectie van de VU, vooral in de tweede helft van de 20e eeuw, verrijkt met grote hoeveelheden boeken. Kenmerkend voor deze collecties is dat ze verzameld zijn rond een bepaald thema en gebruikt werden bij de gedachtevorming en studiedoeleinden van de betreffende instelling. De collecties die op deze manier bij de VU zijn terechtgekomen zijn veelal van protestantse aard.