In een Graduate School komen onderwijs en onderzoek bijeen. Graduates Schools bieden masteropleidingen, research-masters en promotieopleidingen aan. Veel faculteiten delegeren de verantwoordelijkheid voor de promotietrajecten aan de Graduate Schools.
- ABRI Graduate School of Business Research verzorgt PhD-programma’s op het gebied van Management, Organisatiekunde en Business Studies en biedt een joint-degree Research Master 'Business in Society’ aan.
- ACTA Graduate School of Dentistry biedt PhD-trainingen in zowel klinisch als basaal tandheelkundig onderzoek, gericht op de twee hoofdprogramma's 'Orale Infecties en Ontsteking' en 'Orale Regeneratieve Geneeskunde'.
- Amsterdam UMC Doctoral School ondersteunt een nieuwe generatie excellente onderzoeksprofessionals tijdens hun promotietraject en streeft ernaar een vertrouwde en gewaardeerde partner te zijn voor promovendi en hun begeleiders.
- Graduate School of Behavioral & Movement Sciences biedt uitstekende opleidingsprogramma's voor ambitieuze promovendi die een academische of klinische carrière in het brede veld van de psychologie ambiëren.
- Graduate School of Humanities biedt een ruime keuze aan uitstekende master-, onderzoeksmaster- en PhD-programma's, die geesteswetenschappers eersteklas begeleiding en onderzoekstraining op het hoogste academische niveau bieden.
- Graduate School Rechtsgeleerdheid biedt aan promovendi een kader voor opleiding, begeleiding en ondersteuning. Daarnaast is zij erop gericht de onderzoeksmissie van de faculteit te realiseren en bij te dragen aan een gezamenlijke onderzoekscultuur.
- Graduate School of Science Faculty biedt een zeer divers PhD programma met een combinatie van fundamenteel en toegepast onderzoek. Vanuit de Bètawetenschappen worden de promovendi opgeleid om fundamentele oplossingen te vinden voor grote uitdagingen van deze tijd.
- Graduate School of Social Sciences biedt onderzoeksmogelijkheden en een PhD-programma in de thema’s: welzijn en gezondheid, netwerken en communicatie, diversiteit en governance.
- Graduate School of Religion and Theology, veruit de grootste in zijn soort in Nederland, biedt eersteklas begeleiding aan research-master en promovendi op alle gebieden van theologie en religiewetenschappen.
- Onderzoeksschool Oncologie Amsterdam. OOA is een gezamenlijke graduate school van het Amsterdam UMC Cancer Center Amsterdam en het Nederlands Kanker Instituut, VU en UvA voor de opleiding van meer dan 1000 promovendi die werkzaam zijn op het gebied van Oncologie.
- Research School for Socio-Economic and Natural Sciences of the Environment biedt disciplinaire- en multidisciplinaire PhD-opleidingen, een netwerk voor milieu- en duurzaamheidsonderzoek van hoge kwaliteit en slaat een brug naar duurzame oplossingen op het raakvlak van wetenschap en praktijk.
- Tinbergen Institute biedt een onderzoeksmasterprogramma aan in economie, econometrie en finance, alsmede PhD-mogelijkheden aan een internationale groep van topstudenten.