Binnen de bacheloropleiding theologie en godsdienstwetenschappen kunnen studenten een gespecialiseerd traject volgen dat aansluit bij de theologische en pastorale behoeften van de doopsgezinde traditie. Het kan ook fungeren als basis voor verdere training, zoals het driejarige masterprogramma om predikant te worden. Het seminarie organiseert ook openbare lezingen, cursussen, activiteiten en evenementen voor iedereen die geïnteresseerd is in actuele thema's op het gebied van vrede, gerechtigheid en andere gebieden die relevant zijn voor doopsgezinden. Een voorbeeld: de Anabaptische-Doopsgezinde geschiedenis.
De Doopsgezinde traditie staat bekend om haar inzet voor vrede, gemeenschap en soberheid. Het seminarie biedt in samenwerking met de VU Amsterdam een theologische opleiding die systematische en praktische theologie, bijbelse hermeneutiek en ethiek behandelt, evenals de geschiedenis van de doperse beweging. De nadruk ligt op thema's als vredestheologie en verzoening. Dit programma staat open voor alle studenten die aan de eisen voldoen, ook voor studenten met een niet-doopsgezinde achtergrond.
Studenten, docenten, en internationale studenten uit de bredere gemeenschap rondom het Doopsgezind Seminariekomen eens per maand samen voor de vesper, een thematisch gesprek en een gezamenlijk diner. Het is een vormingsplaats, die gemeenschap opbouwt en viert. Samen nemen ze deel aan jaarlijkse activiteiten, zoals de European Mennonite Students of Theology Meeting (EMSTM).