Bio-informatica: Vishaak of Sleepnet
Bio-informatica, een vakgebied dat voor het eerst werd geïntroduceerd door Paulien Hogeweg en Ben Hesper in 1970, is aanzienlijk gegroeid en geëvolueerd. In de beginjaren werd het gezien als een experimenteel en nichegebied van studie. De jaren negentig markeerden echter een grote omslag met projecten zoals het Human Genome Project, dat enorme hoeveelheden biologische data opleverde. Dit leidde tot de ontwikkeling van geavanceerde tools voor het opslaan, ophalen en analyseren van deze data. Tegenwoordig is bio-informatica essentieel voor vele vakgebieden, waaronder evolutionaire biologie en gepersonaliseerde geneeskunde. Dit zegt hoogleraar Bio-informatica Jaap Heringa in zijn afscheidsrede.
Tijdens zijn carrière richtte Heringa zich op het ontwikkelen van computationele tools voor het analyseren van biologische sequenties (zoals DNA, RNA of eiwitten), evenals het voorspellen van eiwitstructuur en -functie. Later breidde zijn team zich uit om biologische processen te bestuderen met behulp van formele modellen. Zij werkten ook aan het integreren van kankergerelateerde data, het bevorderen van moleculaire datawetenschap en het verbeteren van de interactie tussen data en tools.
"Een van de gebieden waarin we significante groei hebben gezien, is het onderwijs. Het Bio-informatica-masterprogramma, dat in 2003 begon, fuseerde in 2012 met Systeembiologie om een gezamenlijke graad met de Universiteit van Amsterdam aan te bieden. Aanvankelijk had het programma slechts een paar studenten en stonden we voor uitdagingen, waaronder weerstand van een accreditatiecommissie die de waarde van een interdisciplinair vakgebied niet volledig erkende. Tegenwoordig schrijft het programma jaarlijks ongeveer 100 studenten in," aldus Heringa.
In de afgelopen vijftien jaar is Heringa's rol meer verschoven naar management en advisering, zowel nationaal als internationaal. De afgelopen zes jaar was hij hoofd van de afdeling Computerwetenschappen. Een groot deel van zijn werk heeft zich gericht op het bouwen van infrastructuur ter ondersteuning van biologische data, het vergemakkelijken van data-analyse voor levenswetenschappers, en het bevorderen van de principes van FAIR (Vindbare, Toegankelijke, Interoperabele en Herbruikbare) data stewardship.