Zo onderzoekt hij hoeveel CO2 de lucht ingaat door wereldwijde ontbossing, en kijkt hij hoe bosbranden het klimaat beïnvloeden. Hij maakt in zijn onderzoek veelvuldig gebruik van onderzoeksgegevens verkregen uit satellieten. Ook worden metingen in de atmosfeer gedaan om te bepalen wat er bij bosbranden en ontbossing in de atmosfeer komt. Zijn onderzoek draagt bij aan een beter begrip van de factoren die bepalen of ergens wel of geen bosbranden plaatsvinden, en leidt tot een duidelijker overzicht van de wisselwerking tussen het klimaat enerzijds en bosbranden en ontbossing anderzijds.
Guido van der Werf is per 1 januari 2015 benoemd als URC-hoogleraar.