Janneke Franken werkt bij de Vrije Universiteit Amsterdam als docent-onderzoeker (jeugd)strafrecht. Haar promotieonderzoek gaat over buitengerechtelijke afdoeningen in het jeugdstrafrecht. Onderzocht wordt in hoeverre de Nederlandse buitengerechtelijke afdoeningen in lijn zijn met de rechten en belangen van jeugdige verdachten en slachtoffers en de belangen van de maatschappij. Hiertoe worden verschillende onderzoeksmethoden gebruikt. Zo zal juridisch-theoretisch onderzoek, kwalitatief empirisch-juridisch onderzoek (in de vorm van interviews en observaties) en rechtsvergelijkend onderzoek worden gedaan.
Naast haar onderzoek, verzorgt Janneke onderwijs in de bachelor- en masteropleiding. Zo is zij coördinator en werkgroepdocent in het mastervak Jeugd en Strafrecht. Daarnaast verzorgt zij de werkgroepen in het vak Strafrechtelijk ingrijpen vanuit juridisch en pedagogisch perspectief. Verder begeleidt Janneke studenten bij het schrijven van minorpapers en masterscripties.